Program Pascasarjana Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta kembali membuka kesempatan bagi para Master (S2) untuk mengikuti pendidikan jenjang Doktor (S3). Pendaftaran tahap II ini dibuka tanggal 4 s.d 10 September 2012 secara online. Adapun ujian seleksi akan dilaksanakan pada tanggal 11 September 2012.