Sejak tahun 2015 Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga membuka dua kelas internasional berbahasa Inggris, Islamic Thought and Muslim Societies (ITMS), dan berbahasa Arab al-Dirasat al-Islamiyyah wa al-`Arabiyyah (DIA). Keduanya adalah terobosan yang dilakukan Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga untuk melahirkan ilmuwan-ilmuwan kajian keislaman yang mampu berkomunikasi dan mendiseminasikan karya-karya mereka secara internasional. Program khusus ini diajar oleh para guru besar dan doktor lulusan Timur Tengah, Eropa, Amerika, Australia, dan dalam negeri yang telah berpengalaman dalam mempresentasikan karya mereka di forum-forum akademik internasional dan menerbitkan karya mereka di jurnal-jurnal internasional. Mulai tahun ini, untuk tiga tahun ke depan,  kedua kelas internasional ini juga akan diajar oleh dosen tamu dari Pima Community College Tucson, Arizona, Amerika, yang berasal dari Mesir, Prof. Dr. Magdy Behman.

Dalam kelas ini pengajaran diselenggarakan dalam bahasa Inggris (ITMS) atau Arab (DIA), termasuk paper kelas mereka. Untuk mendukung kemampuan menulis baik dalam bahasa Inggris maupun Arab, mereka mendapatkan training intensif academic writing. Di luar kelas mereka juga dilibatkan dalam diskusi, seminar dan konferensi internasional. Para mahasiswa angkatan pertama kelas ini mendapatkan beasiswa dari Program 5000 doktor Kemenag dan LPDP, di samping ada pula yang mendapatkan beasiswa dari kampus tempatnya mengajar. Selama 2015 program kelas internasional ini dapat berjalan dengan baik. 

Pada tahun 2016 ini kelas internasional Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga mendapatkan kepercayaan dan dukungan penuh dari Program 5000 Doktor Kemenag, termasuk dalam penyelenggaraan program Sandwich selama beberapa bulan sampai dengan satu tahun di perguruan tinggi atau di lembaga riset di luar negeri (Timur Tengah, Eropa, Amerika, Australia, dan Asia). Program Sandwich ini penting untuk peningkatan dan penguatan kualitas penelitian, publikasi jurnal akademik dan disertasi mahasiswa. Selama program Sandwich, mahasiswa akan mendapatkan bimbingan dari pembimbing di universitas atau lembaga riset setempat. Outcome program Sandwich ini adalah satu artikel untuk publikasi internasional dan draft disertasi. Mereka juga mendapatkan kesempatan untuk mempresentasikan karya mereka dalam Graduate Conference atau konferensi internasional.