تقوم الدراسات العليا في جامعة سونان كاليجاكا الإسلامية الحكومية بالتعاون في مجال البحوث، والنشر، والندوات وورش العمل والـمؤتمرات الـمشتركة وأنواع التعاون الأخرى مع مختلف المؤسسات في الداخل والخارج مثل:

1)    جامعة غوتنغن الألـمانية

2)    كلية الدراسات الإسلامية في جامعة هولندا  (NISIS)

3)    جامعة واشنطن

4)    كلية الدراسات العليا الـمتخصصة في اللغة والثقاقة بجامعة أوساكا اليبانية.

5)    الـمركز النورويجي لحقوق الإنسان، بأسلو

6)    جامعة سيدني الأسترالية

7)    Rajaratnam  School for International Studies (RSIS), Nanyang Technological University of  Singapore

8)    جامعة فلندرز الأسترالية

9)    جامعة قناة سويس الـمصرية

10)   جامعة الزيتونة بتونس

11)   المعهد الأمريكي لدراسات إندونيسيا

12)  مؤسسة تحدي الألفية (MCC) الأمريكية

13)   أكاديمية العلوم الإندونيسية

14)   الإدارة العامة لتعليم الإسلام التابع لوزارة الشؤون الدينية

15)   هيئة البحث والتطوير  التابعة لوزارة الشؤون الدينية.

16)    الجهاز الخاص لإدارة صندوق الطلاب.