تأسست كلية الدراسات العليا بجامعة سونان كاليجاكا الإسلامية الحكومية بموجب قرار وزير الشؤون الدينية رقم 26 عام 1983 وبمقتضى قرار وزير الشؤون الدينية رقم 208 عام 1997، وقرار وزير الشؤون الدينية رقم 95 عام 1999. نشأت كلية الدراسات العليا وترعرعت بفعل الإحساس بأن التربية على عاتق الجميع لترقية جودة حياة الشعب الإندونيسي. والتزمت جامعة سونان كاليجاكا الإسلامية الحكومية بأن تكون مركز التعليم العالي الـمتفوق في الدراسات الإسلامية، والـمتامشى مع الزمان ومتطلبات الـمجتمع.  تسعى الكلية في إعداد الكوادر الأكاديمية من مرحلتي الـماجستير والدكتوراه، الـمؤهلة في مجالات متعددة، كمحاضرين في الجامعة، والـمعلمين، والباحثين، والـمحترفين في مجال الدراسات الإسلامية لترقية جودة حياة الشعب، ولتعزيز حضارة إندونيسيا على وجه الـخصوص والحضارة البشرية بشكل عام.