تجري الدراسة في برنامج الدكتوراه العادي عن طريق الدروس النظرية العادية مع استخدام اللغة الإندونيسية كلغة التدريس. ويقدم البرنامج تخصصات على النحو التالي:

أ‌)       الدراسات الإسلامية

ب‌) الاقتصاد الإسلامي

ت‌) تاريخ الحضارة الإسلامية

ث‌) التربية الإسلامية

ج‌)   القرآن والحديث

ح‌)   دراسات الشرق الأوسط

خ‌)   التربية الإسلامية للأولاد الصغار

د‌)     علم الـمكتبات والـمعلومات الإسلامية

ذ) علم القانون والـنظام الاجتماعي الإسلامي