Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta membuka pendaftaran Magister (S2) gelombang III tanggal 1 - 24 Agustus 2015. Adapun program yang ditawarkan sebagai berikut:
- Konsentrasi Kajian Timur Tengah (KTT)
- Konsentrasi Studi Disabilitas dan Pendidikan Inklusif (SDPI)
- Konsentrasi Islam dan Kajian Gender (IKG)
- Konsentrasi Hermeneutika Al-Qur’an (HA)
- Konsentrasi Islam, Pembangunan dan Kebijakan Publik (IPKP)
- Konsentrasi Kajian Maqasid dan Analisis Strategik (KMAS)
- Konsentrasi Islam Nusantara (IN)
- Konsentrasi Kajian Komunikasi dan Masyarakat Islam (KKMI)
- Konsentrasi Psikologi Pendidikan Islam (PsiPI)
- Konsentrasi Pekerjaan Sosial (PS)
- Konsentrasi Ilmu Perpustakaan dan Informasi (IPI)
- Konsentrasi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI)
- Konsentrasi Ilmu Bahasa Arab (IBA)
- Konsentrasi Sejarah Kebudayaan Islam (SKI)