Pascasarjana Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta menyelenggarakan pendidikan jenjang Magister (S2) dan Doktor (S3) Studi Islam Interdisipliner.
Berikut adalah daftar program studi dan minat studi pada Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta:
Program Magister (S2) Interdisciplinary Islamic Studies (IIS).