Pendaftaran dilaksanakan secara online. Prosedur pendaftaran program Magister dan Doktor diatur sebagai berikut:
1. Membayar biaya seleksi di Bank Mandiri atau Bank BNI dengan menyebutkan PMB Jalur Mandiri S2 atau S3 UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (sesuai jenjang yang dipilih) dengan kode pembayaran diikuti tanggal lahir calon peserta dengan format ddmmyyyy. Jenjang pendidikan dan jalur pendaftaran sebagai berikut :
| No. | Jalur PMB | Jumlah Bayar | Kode Bayar | |
| a. | Program Magister Jalur Tes Tulis | Rp. 500.000,00 (lima ratus ribu rupiah) | 913 | |
| b. | Program Magister Jalur Non Tes | Rp. 500.000,00 (lima ratus ribu rupiah) | 914 | |
| c. | Program Magister Jalur Portofolio | Rp. 600.000,00 (enam ratus ribu rupiah) | 915 | |
| d. | Program Doktor Reguler | Rp. 750.000,00 (tujuh ratus lima puluh ribu rupiah) | 916 | |
| e. | Program Doktor Internasional | Rp. 1.000.000,00 (satu juta ribu rupiah) | 918 |
2. Mengisi Formulir Pendaftaran secara online di laman http://admisi.uin-suka.ac.id dengan langkah-langkah:
a. Login menggunakan kode ID/username dan PIN/password yang tertera dalam bukti pembayaran dari bank;
b. Mengisi formulir sesuai dengan dokumen (borang) asli yang dimiliki. (Mengunggah (upload) portofolio format pdf, dan pas foto format JPEG (foto formal ukuran 50-100 KB, berlatar belakang biru untuk laki-laki dan merah untuk wanita);
c. Mencetak kartu peserta dan data diri
6. Berkas-berkas asli dibawa saat mengikuti Ujian Tulis dan Wawancara
Contoh Bukti Pembayaran via BNI
