Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta lahir sebagai kelanjutan dari Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN), Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA), dan Institut Agama Islam Negeri (IAIN). Kelahirannya bertujuan untuk menggali ajaran Islam dan mengembangkan khazanah rohaniah bangsa sebagai  proses  perjuangan rakyat Indonesia dan ikut serta dalam mengisi serta mewujudkan cita-cita Kemerdekaan RI, yaitu untuk memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa.

UIN Sunan Kalijaga sebagai lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam (PTAI) menyadari universalitas Islam harus menerima kenyataan pluralisme bangsa dan proses globalisasi di tengah pergaulan internasional. Kenyataan ini menuntut UIN Sunan Kalijaga bertanggung jawab secara moral dan akademik untuk mengkaji Islam; menyebarkan perdamaian dan mengkomunikasikannya ke seluruh masyarakat dunia melalui Tri Dharma Perguruan Tinggi; dan  memberdayakan sumber daya manusia yang ahli dalam Ilmu Agama Islam, beriman, dan bertakwa.
Sejak Tahun Akademik 1983/1984 UIN Sunan Kalijaga merintis pendidikan formal bagi para sarjana yang ingin memperoleh gelar Magister dan Doktor. Rintisan ini berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 26 tahun 1983 yang ditetapkan kembali dengan Keputusan Menteri Agama No. 208 Tahun 1997 dan Keputusan Menteri Agama No. 95 Tahun 1999. Pada Tahun Akademik 1985/1986 untuk pertama kalinya Program Pascasarjana melahirkan lulusan Magister dan mulai saat itu pula dilaksanakan kegiatan perkuliahan Program Doktor (S3).

Pendidikan formal ini pada mulanya disebut Fakultas  Pascasarjana dan Pendidikan Doktor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Selanjutnya, untuk pertama kalinya dekan fakultas Pascasarjana dan Pendidikan Doktor dijabat oleh Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta,  H. Zaini Dahlan, M.A.
Tidak berapa lama menjabat dekan, H. Zaini Dahlan, M.A. diangkat pemerintah RI sebagai Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama. Selanjutnya, jabatan dekan Fakultas Pascasarjana dan Pendidikan Doktor dilimpahkan kepada Prof. Dr. Hj. Zakiah Daradjat.

Pada perkembangan selanjutnya, nama Fakultas Pascasarjana dan Pendidikan Doktor diubah menjadi Program Pascasarjana  yang dipimpin oleh seorang direktur. Untuk pertama kalinya, jabatan Direktur Program Pascarjana IAIN Sunan Kalijaga ini dijabat oleh Prof. Dr. H. Nourouzzaman Shiddiqi, M.A. Namun tanggal 16 Juli 1999 beliau wafat. Selanjutnya, Pejabat Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dirangkap oleh Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Prof. Dr. H. M. Atho Mudzhar, berdasarkan pada Keputusan Rektor IAIN Sunan Kalijaga, Nomor: 198/Ba.0/A/1999.

Selanjutnya, pada tahun berikutnya  tanggal 7 Februari 2000, Prof. Dr. Faisal Ismail, M.A. ditetapkan  sebagai Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga yang baru, berdasarkan pada Keputusan Rektor IAIN Sunan Kalijaga, Nomor: 21/Ba.0/A/2000. Setelah empat bulan menjabat Direktur, beliau diangkat oleh Presiden R.I. sebagai Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan Agama Departemen Agama di Jakarta.

Sesuai dengan Penjelasan Pasal 54 ayat (1) Peraturan Pemerintah No. 60 Tahun 1999, mulai tanggal 12 Juni 2000, dengan SK Rektor, Pjs. Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dirangkap oleh Pembantu Rektor I,  Prof. Dr. H. M. Amin Abdullah, berdasarkan Keputusan Rektor IAIN Sunan Kalijaga, Nomor: 91/Ba.0/A/2000.

Dengan terpilihnya  Prof. Dr. H. M. Amin Abdullah sebagai Rektor IAIN Sunan Kalijaga, berdasarkan keputusan Rektor Nomor 115/Ba.0/A/2002, terhitung sejak tanggal 22 Maret 2002, Direktur Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dijabat oleh Prof. Dr. H. Musa Asy’arie.

Sebelum masa jabatannya berakhir,  Prof. Dr. H. Musa Asy’arie diangkat sebagai Staf Ahli Menteri Komunikasi dan Informatika Sosial Budaya dan Peran Masyarakat, beradasarkan pada Keputusan Presiden RI Nomor 81/M Tahun 2005 tanggal 23 Mei 2005. Selanjutnya, masa antara tahun 2005 hingga 2006, Pejabat Direktur Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga dijabat oleh Prof. Dr. H. Machasin, M.A., berdasarkan pada Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga, Nomor: 218/Ba.0/A/2005.

Selanjutnya, terhitung sejak tanggal 17 Juli 2006 hingga tahun 2010 Direktur Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga dijabat oleh Prof. Dr. H. Iskandar Zulkarnain. Hal ini berdasarkan pada Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Nomor: 312/Ba.0/A/2006.

Mulai tahun 2001/2002 Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga menerapkan Kurikulum Terpadu S2/S3. Sistem yang dipakai penuh, setiap mahasiswa bebas memilih matakuliah yang ditawarkan dengan memenuhi jumlah SKS yang telah ditetapkan.  Seiring dengan transformasi UIN berdasarkan Keppres No. 50 tanggal 21 Juni 2004, lembaga ini juga berubah menjadi Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga.