Direktorat Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam Kementerian Agama RI kembali menggandeng Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta  untuk menjadi salah satu penyelenggara Program Beasiswa 5000 Doktor Dalam Negeri tahun akademik 2018/2019. Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga juga dipercaya menjadi salah satu tempat dan tim seleksi peserta Beasiswa 5000 Doktor yang memilih studi di perguruan tinggi umum (PTU).

Program Beasiswa 5000 Doktor tahun ini agak berbeda dengan periode sebelumnya. Tahun sebelumnya beasiswa hanya diberikan pada dosen di lingkungan Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTKI), tenaga kependidikan PTKI dan Pegawai Negeri Sipil (PNS) Eselon I Direktorat Pendidikan Islam Kementerian Agama. Sedangkan tahun ini, beasiswa juga diberikan kepada dosen tetap (PNS/Non-PNS) pengampu mata kuliah Pendidikan Agama Islam di PTU, Dosen Islamic Studies pada Fakultas Agama Islam di PTU, PNS pada PTKIN dan PNS Kementerian Agama (Guru dan Pengawas Madrasah).

Rangkaian seleksi Beasiswa 5000 Doktor dimulai dengan tahap pendaftaran (13 April- 31 Mei 2018), pengumuman seleksi administrasi (8 Juni 2018), ujian tulis dan wawancara untuk pilihan studi di PTKI (27-28 Juni 2018), ujian wawancara untuk pilihan studi di PTU (4 Juli 2018), dan pengumuman kelulusan (20 Juli 2018). Jumlah pendaftar yang memilih tujuan studi di Program Doktor Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga mencapai 180 orang, meningkat dua kali lipat dari tahun sebelumnya. Dari jumlah tersebut, 108 peserta dinyatakan lolos seleksi administrasi, dan mengikuti tes tulis serta wawancara di Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga sebanyak 72 orang, sedangkan sisanya memilih lokasi tes di PTKI lain yang terdekat dari daerah asal. Sementara peserta dengan tujuan studi PTU yang memilih lokasi tes di Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga sebanyak 146 orang.

Mahasiswa program doktor adalah calon-calon ilmuwan yang diharapkan mengembangkan bahkan menghasilkan temuan-temuan baru dalam diskursus ilmu pengetahuan. Karena itu, proses seleksi baik tulis maupun wawancara berlangsung sangat selektif. Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga menerapkan kriteria yang sangat ketat dan standar kualifikasi yang tinggi. Hal ini dalam rangka menjaring mahasiswa program doktor yang betul-betul memiliki kelayakan akademik, kapasitas keilmuan yang mumpuni, dan komitmen untuk menyelesaikan studi tepat waktu. Melalui proses seleksi yang ketat ini ini, Direktur Pascasarjana, Prof. Noorhaidi, yakin akan mendapatkan input mahasiswa yang berkualitas.