Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta pada tahun akademik 2015/2016 membuka program-program baru baik untuk jenjang Magister (S2) maupun jenjang Doktor (S3). Jenjang Magister (S2) pada gelombang II ditawarkan program sebagai berikut:

1. Konsentrasi Pekerjaan Sosial (PS)
2. Konsentrasi Ilmu Perpustakaan dan Informasi (IPI)
3. Konsentrasi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI)
4. Konsentrasi Ilmu Bahasa Arab (IBA)
5. Konsentrasi Sejarah Kebudayaan Islam (SKI)
6. Konsentrasi Kajian Timur Tengah (KTT)
7. Konsentrasi Studi Disabilitas dan Pendidikan Inklusif (SDPI)
8. Konsentrasi Islam dan Kajian Gender (IKG)
9. Konsentrasi Hermeneutika Al-Qur’an (HA)
10. Konsentrasi Islam, Pembangunan dan Kebijakan Publik (IPKP)
11. Konsentrasi Maqasid dan Analisis Strategik (MAS)
12. Konsentrasi Islam Nusantara (IN)
13. Konsentrasi Kajian Komunikasi dan Masyarakat Islam (KKMI) (dibuka pada gelombang III: 1 - 24 Agustus 2015)*
14. Konsentrasi Psikologi Pendidikan Islam (PsiPI) (dibuka pada gelombang III: 1 - 24 Agustus 2015)*

*Bagi calon mahasiswa yang akan memilih konsentrasi pada nomor 13 dan 14 dan sudah membayar biaya pendaftaran di bank, harap tidak mengisi formulir pada masa pendaftaran gelombang II (berakhir 31 Juli 2015).  Pengisian formulir untuk konsentrasi tersebut hanya bisa dilakukan pada gelombang III. Duabelas (12) konsentrasi lainnya juga akan dibuka kembali pada gelombang III.

Adapun untuk jenjang Doktor (S3) ditawarkan kelas Reguler dan Internasional. Program-program yang ditawarkan sebagai berikut:

A. Program Studi Ilmu Agama Islam (Studi Islam) kelas Reguler

1. Konsentrasi Studi Islam (SI)
2. Konsentrasi Ekonomi Islam (EI)
3. Konsentrasi Sejarah Kebudayaan Islam (SKI)
4. Konsentrasi Kependidikan Islam (KI)
5. Konsentrasi Studi al-Qur’an dan Hadis (SQH)
6. Konsentrasi Kajian Timur Tengah (KTT)
7. Konsentrasi Pendidikan Anak Usian Dini Islam (PAUDI)
8. Konsentrasi Ilmu Perpustakaan dan Informasi Islam (IPII)

B. Program Doktor (S3) kelas Internasional

1. Konsentrasi Islamic Thought and Muslim Societies (ITMS) [kelas berbahasa Inggris]
2. Konsentrasi Al-Dukturah fi al-Dirasat al-Islamiyya wa al-Arabiyya (DIA) [Kelas berbahasa Arab]