Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta menyediakan fasilitas belajar yang cukup memadai, meliputi:
- Gedung dan fasilitas belajar yang representatif
- Internet Wi-Fi area
- Laboratorium Bahasa
- Perpustakan yang memiliki koleksi buku-buku dan jurnal yang memadai sebagai referensi studi, layanan Tesis dan Disertasi dari Perguruan Tinggi dalam dan luar negeri. Layanan penelusuran informasi dengan format OPAC (On-line Access Catalog) di laman http://lib.pps.uin-suka.ac.id.
- Pusat-pusat studi
