Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta lahir sebagai kelanjutan dari Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN), Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA), dan Institut Agama Islam Negeri (IAIN). Kelahirannya bertujuan untuk menggali ajaran Islam dan mengembangkan khazanah rohaniah bangsa sebagai  proses  perjuangan rakyat Indonesia dan ikut serta dalam mengisi serta mewujudkan cita-cita Kemerdekaan RI, yaitu untuk memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa.

UIN Sunan Kalijaga sebagai lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam (PTAI) menyadari universalitas Islam harus menerima kenyataan pluralisme bangsa dan proses globalisasi di tengah pergaulan internasional. Kenyataan ini menuntut UIN Sunan Kalijaga bertanggung jawab secara moral dan akademik untuk mengkaji Islam; menyebarkan perdamaian dan mengkomunikasikannya ke seluruh masyarakat dunia melalui Tri Dharma Perguruan Tinggi; dan  memberdayakan sumber daya manusia yang ahli dalam Ilmu Agama Islam, beriman, dan bertakwa.
Sejak Tahun Akademik 1983/1984 UIN Sunan Kalijaga merintis pendidikan formal bagi para sarjana yang ingin memperoleh gelar Magister dan Doktor. Rintisan ini berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 26 tahun 1983 yang ditetapkan kembali dengan Keputusan Menteri Agama No. 208 Tahun 1997 dan Keputusan Menteri Agama No. 95 Tahun 1999. Pada Tahun Akademik 1985/1986 untuk pertama kalinya Program Pascasarjana melahirkan lulusan Magister dan mulai saat itu pula dilaksanakan kegiatan perkuliahan Program Doktor (S3).

Pendidikan formal ini pada mulanya disebut Fakultas  Pascasarjana dan Pendidikan Doktor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Selanjutnya, untuk pertama kalinya dekan fakultas Pascasarjana dan Pendidikan Doktor dijabat oleh Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta,  H. Zaini Dahlan, M.A.
Tidak berapa lama menjabat dekan, H. Zaini Dahlan, M.A. diangkat pemerintah RI sebagai Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama. Selanjutnya, jabatan dekan Fakultas Pascasarjana dan Pendidikan Doktor dilimpahkan kepada Prof. Dr. Hj. Zakiah Daradjat.

Pada perkembangan selanjutnya, nama Fakultas Pascasarjana dan Pendidikan Doktor diubah menjadi Program Pascasarjana  yang dipimpin oleh seorang direktur. Untuk pertama kalinya, jabatan Direktur Program Pascarjana IAIN Sunan Kalijaga ini dijabat oleh Prof. Dr. H. Nourouzzaman Shiddiqi, M.A. Namun tanggal 16 Juli 1999 beliau wafat. Selanjutnya, Pejabat Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dirangkap oleh Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Prof. Dr. H. M. Atho Mudzhar, berdasarkan pada Keputusan Rektor IAIN Sunan Kalijaga, Nomor: 198/Ba.0/A/1999.

Selanjutnya, pada tahun berikutnya  tanggal 7 Februari 2000, Prof. Dr. Faisal Ismail, M.A. ditetapkan  sebagai Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga yang baru, berdasarkan pada Keputusan Rektor IAIN Sunan Kalijaga, Nomor: 21/Ba.0/A/2000. Setelah empat bulan menjabat Direktur, beliau diangkat oleh Presiden R.I. sebagai Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan Agama Departemen Agama di Jakarta.

Sesuai dengan Penjelasan Pasal 54 ayat (1) Peraturan Pemerintah No. 60 Tahun 1999, mulai tanggal 12 Juni 2000, dengan SK Rektor, Pjs. Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dirangkap oleh Pembantu Rektor I,  Prof. Dr. H. M. Amin Abdullah, berdasarkan Keputusan Rektor IAIN Sunan Kalijaga, Nomor: 91/Ba.0/A/2000.

Dengan terpilihnya  Prof. Dr. H. M. Amin Abdullah sebagai Rektor IAIN Sunan Kalijaga, berdasarkan keputusan Rektor Nomor 115/Ba.0/A/2002, terhitung sejak tanggal 22 Maret 2002, Direktur Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dijabat oleh Prof. Dr. H. Musa Asy’arie.

Sebelum masa jabatannya berakhir,  Prof. Dr. H. Musa Asy’arie diangkat sebagai Staf Ahli Menteri Komunikasi dan Informatika Sosial Budaya dan Peran Masyarakat, beradasarkan pada Keputusan Presiden RI Nomor 81/M Tahun 2005 tanggal 23 Mei 2005. Selanjutnya, masa antara tahun 2005 hingga 2006, Pejabat Direktur Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga dijabat oleh Prof. Dr. H. Machasin, M.A., berdasarkan pada Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga, Nomor: 218/Ba.0/A/2005.

Selanjutnya, terhitung sejak tanggal 17 Juli 2006 hingga tahun 2010 Direktur Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga dijabat oleh Prof. Dr. H. Iskandar Zulkarnain. Hal ini berdasarkan pada Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Nomor: 312/Ba.0/A/2006.

Mulai tahun 2001/2002 Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga menerapkan Kurikulum Terpadu S2/S3. Sistem yang dipakai penuh, setiap mahasiswa bebas memilih matakuliah yang ditawarkan dengan memenuhi jumlah SKS yang telah ditetapkan.  Seiring dengan transformasi UIN berdasarkan Keppres No. 50 tanggal 21 Juni 2004, lembaga ini juga berubah menjadi Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga.

Salam Direktur

Assalamu'alaikum wr. wb.

Selamat datang di situs Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, teriring doa semoga Anda semua dalam keadaan sehat wal-afiat. Saya ingin menyampaikan bahwa Pascasarjana baru saja berulang tahun, pada 16 Maret lalu. Jika dihitung sejak berdiri pada 1983 berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 26 tahun 1983 yang ditetapkan kembali dengan Keputusan Menteri Agama No. 208 Tahun 1997 dan Keputusan Menteri Agama No. 95 Tahun 1999, usia Pascasarjana telah menginjak 32 tahun. Dalam usia yang sudah cukup matang ini Pascasarjana telah mampu berdiri kukuh sebagai salah satu centre of excellence pengkajian Islam di Indonesia yang berupaya membangun tradisi akademik dan mengembangkan kesarjanaan yang berkarakter dengan paradigma integrasi-interkoneksi.

Selengkapnya: Salam...

Visi

Menjadi Pascasarjana yang unggul dan terkemuka dalam pemaduan dan pengembangan studi keislaman dan keilmuan bagi kemajuan peradaban

Misi

1. Mengembangkan pendidikan dan pengajaran jenjang Magister dan Doktor yang berperspektif integratif-interkonektif, transformatif dan inklusif.

2. Mengembangkan riset-riset interdisipliner dan multidisipliner berperspektif integratif-interkonektif yang kontributif bagi kemajuan peradaban.

3. Memperkuat posisi Pascasarjana sebagai centre of excellence pengkajian Islam berkelas internasional.

4. Meningkatkan peran serta Pascasarjana dalam merespons persoalan-persoalan kemanusiaan dan kebangsaan untuk terwujudnya perdamaian.

5. Mengembangkan kerjasama dengan berbagai pihak untuk meningkatkan kualitas pelaksanaan dan pelayanan akademik, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.

Tujuan

1. Melahirkan sarjana strata dua (S2) dan strata tiga (S3) dalam bidang studi Islam dengan penguasaan keilmuan yang integratif-interkonektif yang didukung dengan metodologi yang kuat dalam kerangka transformasi sosial yang humanis-transendental

2. Menghasilkan ilmu pengetahuan yang berguna bagi kemajuan peradaban.

3. Membangun jejaring dan sinergi dengan berbagai pemangku kepentingan untuk mewujudkan nilai-nilai kemanusiaan dan perdamaian di tengah masyarakat.