MANTAN DEKAN FAKULTAS SYARI'AH RAIH GELAR DOKTORH.A. Malik Madaniy (58 tahun) mengatakan, Kitab Tafsir al-Jalalain karya Jalal al-Din al-Mahalli w. 864 H/1459 M) dan Jalal al-Din al-Suyuti (w 911 H/1505 M) merupakan kitab tafsir yang sangat popular di kalangan pesantren. Popularitas tafsir ini dikarenakan penulisnya sebagai tokoh mazhab al-Syafi’i, juga format dan bentuknya yang ringkas, yang memungkinkan untuk dipelajari secara tuntas dalam waktu yang relatif singkat, dengan cara pemahaman yang mudah dan tidak berbelit-belit. Popularitas kitab tafsir dan penghormatan kepada kedua penulisnya, ternyata telah menyebabkan kecenderungan daya kritis para santri hilang
ketika membacanya.
Prof. Mitsuo Nakamura. Professor Emeritus, Chiba University, Jepang. berkunjung ke Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Kunjungan dilaksanakan pada hari Senin, 11 Februari 2008. Kedatangan Prof. Nakamura pada kesempatan ini dalam rangka meninjau kembali gerakan sosial Muhammadiyah di Kota Gede Yogyakarta yang pernah diteliti pada era 1970-an. Ia ingin meninjau perubahan sosial Muhammadiyah setelah Indonesia mengalami beberapa periode pemerintahan, mulai Orde Baru, Kabinet Reformasi, dan Kabinet Gotong Royong, dan Kabinet Indonesia Bersatu. Selain melakukan kunjungan ke PPs UIN Sunan Kalijaga, Prof. Nakamura juga melakukan program penelitian
tentang lingkungan hidup di beberapa wilayah di DIY dan Jateng.
• Melahirkan Doktor dalam bidang Studi Islam dan Ekonomi Islam dengan penguasaan keilmuan Islam yang aktual-inklusif dan metodologi yang kuat-handal dalam kerangka transformasi sosial yang humanis-transendental.
• Melahirkan Doktor dalam bidang Studi Islam dan Ekonomi Islam yang profesional dan memiliki integritas ilmiah serta berkepribadian luhur.
• Menghasilkan Doktor dalam bidang Studi Islam dan Ekonomi Islam yang mampu mengaktualisasikan diri dalam masyarakat.
Mendidik Sarjana Strata 2 (Magister) agar menjadi Doktor yang cakap dan profesional serta memiliki keunggulan kompetitif dalam bidang Ilmu Agama Islam, sehingga dapat menghasilkan karya yang memberi sumbangan besar dalam memajukan peradaban umat manusia pada umumnya dan peradaban Bangsa Indonesia pada khususnya.
• Menyelenggarakan pendidikan jenjang Doktor (S3) yang interkonektif-integratif, transformatif, dan multikultural.
• Mengembangkan wawasan keislaman dan keilmuan yang inklusif dan transendental.
• Melaksanakan riset dan pengembangan studi keislaman dan keilmuan yang kontributif bagi khasanah peradaban.
• Memajukan peradaban dalam bingkai universalitas nilai-nilai Islam dan kebhinekaan Indonesia.
• Mengembangkan kerjasama dengan berbagai pihak untuk meningkatkan kualitas pelaksanaan.